Las rutas de Interjet abarcan 52 destinos en México, Estados Unidos, Canadá, Latinoamérica y el Caribe, pero el número crece de forma exponencial por sus convenios con otras aerolíneas y sin los cuales no sería posible llegar a nuevos lugares. Otro beneficio de este tipo de acuerdos es la comodidad de poder adquirir vuelos de otra compañía aérea con un mismo boleto, si comparten un punto de conexión con Interjet.

Durante el trimestre abril-junio del presente año, la aerolínea estableció un acuerdo de código compartido con Alitalia, con la cual ya sostiene una alianza comercial interlineal. También suscribió otro con Qatar Airways, a través del cual los pasajeros de la compañía asiática tienen acceso a toda la red de rutas de Interjet en el continente americano.
Las alianzas con otras aerolíneas multinacionales han permitido a la firma mexicana fortalecer sus operaciones foráneas. En julio de 2019 reportó un crecimiento del 22% en el mercado internacional de pasajes, al haber atendido a 436.644 viajeros.
Además de Alitalia y Qatar Airways, la compañía tiene alianzas comerciales con American Airlines, Emirates, Iberia, Latam, British Airways, Japan Airlines, Lufthansa, All Nippon, Eva Air, Hainan Airlines, Air Canada y Han Air. En el caso de Emirates, la línea aérea mexicana tiene un acuerdo interlineal para conectar en Estados Unidos que le está dando excelentes resultados.